臺南市政府地政局負責臺南市地政業務之推展，由局長綜理局務，設置副局長、主任秘書、專門委員、科長、主任、秘書、專員、技正、股長、科員、技士、助理員、技佐、辦事員及書記等，連同幕僚單位員額合計112人，組織編制除人事室、會計室、政風室、秘書室外，業務部分下設地籍、測量、資訊地價、地用、區段徵收、市地重劃、農地重劃、開發工程等八科，下轄台南、安南、東南、鹽水、白河、麻豆、佳里、新化、歸仁、玉井、永康等11個地政事務所，分別掌管辦理全市各項土地行政事務。
地籍科：
- 土地登記。
- 地籍管理。
- 地政士及不動產經紀業（人）管理。
- 地權限制。
- 市有耕地標放租與管理。
- 耕地三七五減租之租佃爭議及不動產糾紛調處。
- 未辦繼承登記土地建物列冊管理及其他有關土地建物登記事項。
測量科：
- 地籍圖重測。
- 加密控制測量。
- 再鑑界。
- 重測界址爭議調處。
- 專案測量。
- 測量業務相關應用系統開發管理維護。
- 測繪業管理及其他有關測量事項。
資訊地價科：
- 規定地價及公告土地現值調整。
- 土地徵收補償市價查估。
- 地價及改良物價額評議。
- 不動產成交案件實價資訊登錄。
- 不動產估價師管理。
- 地政業務資訊化作業管理。
地用科：
- 非都市土地使用編定及管制業務。
- 辦理臺南市國土功能分區圖劃設作業業務。
- 土地徵收及撥用業務。
區段徵收科：
- 綜理區段徵收。
- 管理本市實施平均地權基金之區段徵收事項。
市地重劃科：
- 綜理市地重劃。
- 督導及審核土地所有權人自辦市地重劃。
- 管理本市實施平均地權基金之市地重劃事項。
農地重劃科：
- 農地重劃區及農村社區土地重劃區之開發與管理維護。
- 農地重劃區農水路更新改善工程。
- 其他有關農地重劃事項。
開發工程科：
- 辦理區段徵收區及公辦市地重劃區開發工程業務。
- 審理自辦市地重劃區申辦開發工程業務。
秘書室：
掌理採購、法制、研考、出納、印信、檔案、財產管理等事項。
會計室：
綜理年度預算編列、執行、控制審核及一切會計業務。
政風室：
處理本局員工貪瀆不法及檢舉事項、本局政風法令之宣導等事項。
人事室：
掌理組織編制、員工協助方案及辦理退休、撫卹及員工福利等業務。