臺南縣、市於99年12月25日合併為直轄市，原縣、市政府地政處合併成立一級機關臺南市政府地政局，由局長承市長之命綜理局務，置副局長1人襄理局務。
幕僚單位設秘書室、人事室、會計室、政風室等4室，業務單位設地籍、測量、資訊地價、地用、區段徵收、市地重劃、農地重劃、開發工程等8科，編制員額114人。
下轄臺南、東南、安南、鹽水、白河、佳里、麻豆、新化、玉井、永康、歸仁等11個地政事務所，掌理全市各項土地行政事務。