地上物查估作業是區段徵收前一項極為重要的程序，本局除了搭配科技空拍技術，分年完成航空攝影保留地上物原貌外，現階段辦理地上物查估時，針對查估現況所種植之種類、數量及種植時間現地完整紀錄，搭配客觀資訊確認目前種植之農作物是否為原來使用，審視有無違反土地徵收條例中所謂與正常種植不相當的情事，以落實徵收補償公平性和公正性。
南科特定區開發區塊A、B、C、D、E、N、O區段徵收案，本局自113年5月起陸續辦理地上物查估作業，本局提醒地主及耕種人維持正常原來的土地使用，避免造成土地徵收條例正常種植情形不相當者無法補償情事及涉及刑事責任。
過往辦理地上物查估，受限於航拍技術拍攝高度與解析度，難以大範圍且詳細地確認地上物的種類與範圍，導致辦理地上物查估後所延伸之爭議難以釐清。現今透過無人機能克服地形限制，近距離攝影可提供即時性高解析度的航照影像，並可與地籍圖進行對位、套疊，數位化辨認各宗土地內地上物使用現況，提升地上物查估效率和精確度，讓民眾獲得最大的利益。