地上物查估作業是區段徵收前一項極為重要的程序，悠關民眾權益甚鉅。為了確保作業的公平公正，地政局除了多年前已搭配科技空拍技術，分年完成航空攝影保留地上物原貌外，現階段辦理地上物查估時，針對查估現況所種植之種類、數量及種植時間現地完整紀錄，搭配客觀資訊確認目前種植之農作物是否為原來使用，審視有無違反土地徵收條例中所謂與正常種植不相當的情事，以落實徵收補償公平性和公正性。
南科特定區開發區塊A、B、C、D、E、N、O區段徵收案，都市計畫於去年12月審定完竣，地政局自5月起陸續辦理地上物查估作業。地政局提醒地主及耕種人維持正常原來的土地使用，避免造成土地徵收條例正常種植情形不相當者無法補償情事及涉及刑事責任。
過往辦理地上物查估，受限於航拍技術拍攝高度與解析度，難以大範圍且詳細地確認地上物的種類與範圍，導致辦理地上物查估後所延伸之爭議難以釐清。現今透過無人機能克服地形限制，近距離攝影可提供即時性高解析度的航照影像，並可與地籍圖進行對位、套疊，數位化辨認各宗土地內地上物使用現況，提升地上物查估效率和精確度。
為因應臺南市近年來最大規模的區段徵收開發案，市府於111年8月即已成立「臺南市南科特定區開發區段徵收工程」廉政平台，旨在南科特定區開發區段徵收過程中，使市府同仁安心依法執行職務、民眾共享優質公共建設，透過廉政平台使各項作業更公開透明，讓民眾獲得最大的利益，透過全民督工，讓檢廉調參與重大工程的辦理過程，藉此排除外部勢力不當干擾，期待能共同完成這項重大的國家建設。