臺南市政府地政局因「臺南市第三期新營區客運轉運中心市地重劃區」重劃計畫書修正，於104年9月2日辦理說明會向土地所有權人說明計畫書修正原因及修正內容，重劃費用雖因納入共同管道設計及增設滯洪池而增加，但重劃負擔未增反減，並未影響民眾重劃後配回土地之權益，先予澄明。
部分媒體報導指出，民眾陳情開發費用增加之1.5億應由市府負擔等，地政局表示所增加之費用主要是配合本市共同管道設置，讓道路減少重複開挖，且劃設足夠滯洪空間，讓本區避免淹水疑慮，故重新估算工程費用，以提升本區開發後之優質生活空間與品質，相對提高本區之土地價值。
本次修正後重劃計畫雖然開發費用修正為4億4971萬元，增加約1.5億，但因距原重劃計畫公告亦已歷4年，且重劃後平均地價亦參酌鄰近住、商交易案例後，反映地價上漲趨勢合理調整，故整體重劃總平均負擔實際上是降低，曾經辦理農地重劃之土地修正為35.56%(原36.00%)，未辦理農地重劃土地則修正為39.11%(原39.58%)，也就是民眾可配回土地略增加0.44%~0.47%，故未損及土地所有權人權益。
地政局指出，本案修正後重劃計畫書公告期間為104年8月23日至104年9月24日，區內土地所有權人可於公告期間至本府地政局、新營區公所、鹽水地政事務所、本局區段徵收科及本府地政局網站(最新消息)閱覽相關書圖，過程均透明公開，民眾於說明會之建議亦均會正式做成紀錄，寄發予土地所有權人。
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